Covid-19: Bagaimana para ilmuwan Afrika Selatan menemukan varian Omicron

Johannesburg: Jumat 19 November, Rachel Viana, kepala sains di salah satu laboratorium pengujian swasta terbesar di Afrika Selatan, telah mengurutkan gen dalam delapan Virus corona Sampel – dan trauma hidupnya.
Sampel yang diuji di laboratorium Lancet, semuanya mengandung sejumlah besar mutasi, terutama pada protein berduri yang digunakan virus untuk memasuki sel manusia.
“Saya sangat terkejut dengan apa yang saya lihat. Saya bertanya-tanya apakah ada yang salah dengan prosesnya,” sebuah ide yang dengan cepat berubah menjadi “perasaan kewalahan bahwa sampel akan memiliki dampak besar.”
Dia dengan cepat mengangkat telepon untuk rekannya di Institut Nasional Penyakit Menular (NICD) di Johannesburg, pengatur gen Danielle Amoako.
“Saya tidak tahu bagaimana membaginya kepada mereka,” kenangnya. “Bagi saya, rasanya seperti generasi baru,” katanya kepada Amoko.
Penemuan Variabel Omikron Di Afrika Selatan, itu telah memicu kekhawatiran global, dengan negara-negara membatasi perjalanan dari kawasan itu dan memberlakukan pembatasan lain karena takut itu bisa menyebar dengan cepat bahkan pada populasi yang divaksinasi.
Amoako dan tim di National Diabetes Institute menghabiskan akhir pekan dari 20 hingga 21 November untuk menguji delapan sampel yang dikirim Viana kepada mereka, yang semuanya memiliki mutasi yang sama, katanya kepada Reuters, Selasa.
Itu sangat aneh sehingga Amoaco, rekan setimnya Josie Everett dan rekan lainnya juga berpikir itu pasti sebuah kesalahan. Kemudian mereka ingat bahwa selama seminggu, mereka melihat kenaikan tajam dalam COVID-19 Kasus, dari jenis yang mungkin menunjukkan mutasi baru.
Selain itu, Viana diperingatkan akan adanya anomali dalam sampel awal bulan ini oleh seorang rekan – kebocoran gen S, salah satu mutasi yang sekarang membedakan varian Omicron coronavirus baru dari varian delta yang dominan secara global.
Satu-satunya variabel yang sama dengan fitur ini adalah Alpha, “dan kami belum melihat Alpha (di Afrika Selatan) sejak Agustus,” kenang Everett saat menguji sampel.
Pada Selasa, 23 November, setelah 32 lainnya diuji dari sekitar Johannesburg dan Pretoria, “jelas,” kata Amoko.
“Itu menakutkan.”
pertanyaan mendesak
Pada hari Selasa yang sama, tim NICD melaporkan pengurutan tersebut ke Departemen Kesehatan dan laboratorium lain di seluruh Afrika Selatan, yang kemudian mulai mengeluarkan hasil serupa.
Pada hari yang sama, National Institute of Diabetes (NICD) memasukkan data ke dalam basis data ilmiah global GISAID, dan menemukan bahwa Botswana dan Hong Kong juga melaporkan kasus dengan urutan genetik yang sama.
Pada 24 November, NICD dan pejabat manajemen memberi tahu Organisasi Kesehatan Dunia.
Pada saat itu, lebih dari dua pertiga tes positif di provinsi Gauteng, Afrika Selatan, yang meliputi Pretoria dan Johannesburg, menunjukkan kebocoran gen S — tanda bahwa Omicron telah menjadi dominan, kata Viana.
Berkat Omicron, tingkat infeksi Covid-19 di Afrika Selatan diperkirakan meningkat empat kali lipat menjadi lebih dari 10.000 pada akhir minggu ini, kata Salim Abdulkarim, salah satu spesialis penyakit menular terkemuka di negara itu.
Pertanyaan penting – seberapa baik varian baru dalam menghindari kekebalan dari vaksin atau penyakit sebelumnya, seberapa parah gejalanya, dibandingkan dengan versi sebelumnya, dan bagaimana hal ini akan berbeda antara kelompok usia – masih harus dijawab.
Tiga ilmuwan yang diwawancarai oleh Reuters yang mengerjakan pertanyaan ini mengharapkan jawaban dalam waktu 3-4 minggu.
Sementara itu, Presiden Afrika Selatan Cyril Ramaphosa sedang mempertimbangkan untuk memperkenalkan vaksinasi wajib dalam beberapa konteks, karena negara itu masih memiliki 3 juta infeksi Covid-19 selama pandemi dan lebih dari 89.000 kematian.
Ada banyak kemarahan di Afrika Selatan atas larangan bepergian ke luar negeri – dan beberapa di antaranya ditujukan kepada para ilmuwan. Amoako menerima beberapa pesan marah yang mengatakan bahwa mereka hanya harus “berhenti mencari” varian baru.
Wolfgang Preiser, ahli virus Universitas Stellenbosch yang menangani Covid-19, yang juga menerima surat kebencian, khawatir negara lain dapat mengambil seluruh kisah ini sebagai pelajaran untuk tidak transparan.
“Ini mungkin mendorong negara lain untuk menyembunyikan sesuatu, atau lebih tepatnya tidak melihat,” katanya.
“Itulah ketakutannya. Penelitian adalah investasi besar, jadi mereka mungkin menyimpulkan, ‘Jangan membuat diri kita sendiri bosan.'”