Dijelaskan: Seberapa pedulikah kita dengan silsilah baru virus corona AY.4.2?

AY.4.2 adalah apa yang disebut “garis keturunan”. Ini adalah label yang diberikan pada cabang-cabang pohon evolusi COVID untuk menggambarkan hubungan mereka. Mereka diawasi oleh Jaringan Pango yang tak kenal lelah, tim gabungan peneliti dari universitas Edinburgh dan Oxford, yang bertindak sebagai penjaga silsilah dan mengambil tugas memetakan garis keturunan baru.

Jika kita kembali ke April tahun ini, kita dapat melacak asal usul AY.4.2. Tim kami di Northumbria, yang bekerja sebagai bagian dari Cog-UK, konsorsium Inggris yang mengurutkan genom sampel COVID untuk melihat bagaimana virus berubah, baru saja mengurutkan dua sampel yang terhubung sepanjang sejarah perjalanan ke India.

Pada saat kami mengetahui bahwa nenek moyang yang beredar di India adalah B.1.617, tetapi kasus yang kami sampel tidak cocok dengan ini. Varian dibedakan oleh mutasi berbeda yang ada dalam materi genetiknya, dan mengingat mutasi pada sampel kami, tampaknya kasus kami tidak memiliki beberapa mutasi B.1.617 yang diterima secara umum tetapi juga memiliki beberapa mutasi tambahan.

Apa yang kami perkenalkan kepada rekan-rekan di Cog-UK minggu berikutnya diklasifikasikan sebagai B.1.617.2, salah satu dari tiga subspesies utama B.1.617, yang kemudian dinamai delta oleh Organisasi Kesehatan Dunia.

AY adalah langkah maju evolusioner lainnya dari sini. Setelah klasifikasi breed mencapai kedalaman lima level, kombinasi karakter baru dimulai untuk menghindari perpanjangan nama. Jadi bentuk virus AY tidak jauh berbeda dengan yang terjadi sebelumnya, meski klasifikasinya berbeda. Mereka semua adalah subspesies Delta.

Sekarang ada 75 strain AY yang teridentifikasi, masing-masing dengan mutasi penentu tambahan yang berbeda dalam genom mereka. Salah satu kasus tersebut, AY.4, telah melihat pertumbuhan yang stabil dalam insiden di Inggris selama beberapa bulan terakhir, terhitung 63% dari kasus baru di Inggris dalam 28 hari terakhir.

Apakah AY.4 memiliki keunggulan?

Kami masih tidak yakin apakah mutasi AY.4 memberikan keuntungan nyata atau apakah peningkatan frekuensi strain hanya karena apa yang disebut ‘efek pendiri’. Ini terjadi ketika subset virus terpisah dari jumlah total virus, dan kemudian bereproduksi secara terpisah. Di wilayah tempat virus terpisah berada, semua virus berikutnya akan menjadi turunan dari subkelompok ini.

Dengan adanya COVID, hal ini mungkin terjadi karena ada satu kasus dalam peristiwa besar. Virus yang satu ini akan menjadi “pendiri”, satu-satunya virus yang beredar di acara ini. Jika itu menginfeksi sejumlah besar orang, yang kemudian menginfeksi orang lain, ini bisa dengan cepat mengakumulasi sejumlah besar virus dari asal yang sama. Terkadang, agar bentuk virus tertentu dapat bertahan, ia tidak harus lebih baik dari yang lain, ia hanya perlu berada di tempat yang tepat pada waktu yang tepat.

Namun, dengan munculnya dominasi di Inggris, AY.4 mungkin memiliki keunggulan selektif. Perubahan spesifik pada AY.4 adalah mutasi A1711V, yang mempengaruhi protein Nsp3 virus, yang memainkan sejumlah peran dalam replikasi virus. Namun, efek dari mutasi ini tidak diketahui.

Ini membawa kita ke AY.4.2 “sub-garis keturunan AY.4” yang pertama kali diamati pada akhir September, meskipun muncul di Inggris sekitar bulan Juni. Ini ditentukan oleh dua mutasi gen tambahan, Y145H dan A222V, yang mempengaruhi protein lonjakan. Protein lonjakan adalah bagian penting dari permukaan luar virus, dan merupakan bagian dari strukturnya yang digunakan untuk mencapai sel.

AY.4.2 telah berkembang dengan mantap ke titik di mana sekarang menyumbang sekitar 9% kasus di Inggris dalam 28 hari terakhir. Ini juga telah diamati di beberapa negara Eropa: Denmark, Jerman, dan Irlandia, untuk beberapa nama.

Tetapi juga tidak jelas apakah kedua mutasi itu memberikan keuntungan selektif pada virus. A222V terlihat awal tahun lalu dalam jenis B.1.177 yang mungkin muncul di Spanyol dan kemudian menyebar ke seluruh Eropa Utara, kemungkinan besar oleh para wisatawan. Pada saat itu, banyak yang skeptis bahwa A222V akan memberikan keuntungan. Bahkan, peningkatan bentuk virus yang kemudian dikenal sebagai AY.4.2 itu tampaknya baru terjadi sejak ia memperoleh mutasi Y145H.

berita | Klik untuk mendapatkan penjelasan terbaik hari ini di kotak masuk Anda

Mutasi ini terletak di dalam protein lonjakan ‘super antigen’, bagian dari protein yang sering dikenali dan ditargetkan oleh antibodi. Kita tahu bahwa bagian protein lonjakan ini pernah dimodifikasi oleh mutasi pada materi genetik delta, dan ini mungkin berkontribusi pada kemampuan delta yang lebih besar untuk lolos dari kekebalan, karena akibatnya antibodi sulit menargetkannya. Namun, penelitian yang mengeksplorasi ini masih dalam bentuk cetak, yang berarti belum ditinjau secara formal, jadi kita perlu memperlakukan temuannya dengan hati-hati.

Tetapi mutasi Y145H memungkinkan virus memiliki kemampuan yang lebih besar untuk lolos dari kekebalan dengan membuat situs super ini kurang menerima pengenalan antibodi.

Argumen tandingannya adalah bahwa, meskipun diperkenalkan ke banyak negara Eropa, AY.4.2 telah gagal untuk mendapatkan kendali, karena telah meninggalkan radar di Jerman dan Irlandia, meskipun tetap berada di Denmark. Ini mungkin menunjukkan bahwa kemampuannya untuk menghindari kekebalan tidak lebih besar dari Delta. Demikian juga, mungkin tidak ada cukup akses AY.4.2 ke tempat-tempat ini untuk menahannya.

Sungguh, terlalu dini untuk mengatakan apakah ini adalah awal dari dinasti dominan berikutnya. Kemampuan apa pun yang mungkin harus lolos dari kekebalan harus dikonfirmasi oleh pekerjaan eksperimental. Jelas, bagaimanapun, bahwa kemunculannya menunjukkan bahwa ada kebutuhan berkelanjutan untuk pengawasan genetik virus.