Jelaskan: mengapa begitu banyak orang dengan gejala Covid-19 dinyatakan negatif

Ketika India berjuang untuk mengatasi permintaan yang belum pernah terjadi sebelumnya untuk tes RT-PCR, laporan menunjukkan bahwa hingga 20% gejala Covid-19 Hasil tes pasien negatif.

Kecenderungan yang jelas dari hasil negatif palsu ini dapat menyangkal perawatan di rumah sakit dan perawatan kritis untuk pasien serius sementara memungkinkan pasien tanpa gejala untuk memindahkan dan menyebarkan virus. Tren tersebut telah mendorong para ahli, termasuk direktur AIIMS Dr. Randeep Jolleria, untuk merekomendasikan pengobatan Covid-19 untuk semua orang dengan gejala klasik terlepas dari hasil RT-PCR.

berita | Klik untuk anotasi terbaik hari ini di kotak masuk Anda

Mengapa negatif palsu

Tes RT-PCR, yang merupakan standar emas dalam mendiagnosis Covid-19, ternyata tidak sempurna. Sensitivitas minimum (kemampuan untuk mendeteksi hal positif) yang diperlukan oleh Dewan Riset Medis India (ICMR) untuk memvalidasi tes RT-PCR adalah 95%. Ini berarti hingga 5% hasil negatif palsu dapat diharapkan.

Meskipun laporan anekdotal menunjukkan bahwa pangsa hasil negatif palsu meningkat di seluruh India, belum ada penelitian yang mendukung hal ini.

Secara teori, ada empat faktor umum yang menentukan keakuratan tes RT-PCR: viral load pada seseorang, kualitas pengumpulan dan penanganan sampel, keefektifan alat tes itu sendiri, dan juga kriteria interpretasi tes.

Beban atau beban virus: Biasanya, Covid-19 muncul cukup pada hari kelima siklus infeksi. Jika diuji segera setelah terpapar, orang yang terinfeksi dapat berubah menjadi Covid-negatif. Ini mungkin bukan faktor utama di balik tren negatif baru-baru ini, karena beberapa mutasi Covid-19 tampaknya menunjukkan gejala awal.

Sejumlah pasien yang menunjukkan gejala negatif palsu dalam tes RT-PCR kemudian dikonfirmasi positif Covid-positif dalam tes alveolar bronchoalveolar (BAL) yang mengumpulkan sampel dari saluran pernapasan bagian bawah melalui bronkoskop. Hal ini menimbulkan spekulasi bahwa beberapa mutasi melampaui saluran pernapasan bagian atas untuk menargetkan paru-paru – sebuah skenario yang, berdasarkan sampel yang dikumpulkan dari rongga hidung dan tenggorokan, mungkin menolak tes RT-PCR, yang merupakan viral load yang diperlukan. untuk mendapatkan hasil yang akurat.

Ledakan kapasitas: Jumlah laboratorium pengujian Covid di India meningkat dari 14 pada Februari 2020 menjadi lebih dari 2.400 pada April 2021. Perluasan yang cepat ini membutuhkan ratusan laboratorium untuk menyetujui pengujian RT-PCR dan buru-buru melatih ribuan teknisi.

Sebagai tindakan pencegahan, ICMR pada Juli 2020 mendaftarkan 30 laboratorium kendali mutu untuk memverifikasi semua laboratorium Covid yang telah disetujui. 8 lebih banyak laboratorium kendali mutu telah ditambahkan sejak saat itu. Namun, sumber di berbagai laboratorium di tiga negara bagian mengatakan “hanya beberapa inspeksi fasilitas dan alat”.

Idealnya, campuran sampel positif dan negatif harus diambil secara acak dari setiap laboratorium secara berkala untuk diuji ulang. Apakah ini pernah dilakukan sebelumnya? Ya. Apakah ini terus menerus dilakukan? Tidak, ”kata seorang ilmuwan ICMR yang tidak berwenang berbicara kepada media.

Mendekati pemantauan laboratorium berkala dan data kepatuhan kualitas Sejak Juli 2020, ICMR dan sejumlah laboratorium kendali mutu tetap diam.

Elemen manusia: Pengujian bisa saja salah di berbagai tahap – dari pengumpulan dan penyimpanan sampel yang buruk hingga ekstraksi dan amplifikasi yang salah. Semua kit RT-PCR menyertakan kontrol internal (IC) untuk melindungi dari skenario ketika RNA tidak diekstraksi / diperkuat, menghasilkan negatif palsu. IC bisa eksternal atau internal. Ini adalah eksogen ketika molekul cetakan RNA sintetis ditambahkan ke setiap sampel sebelum ekstraksi RNA. Tes dianggap batal jika RNA sintetis tidak terdeteksi setelah ekstraksi dan tes ulang ditentukan. Pengendalian internal menggunakan gen “rumah” yang ada dalam sampel; Tidak mendeteksinya setelah prosedur ekstraksi RNA membatalkan tes.

“Gen yang memelihara rumah manusia juga menjamin kualitas sampel … Tetapi lebih dari 75% kit RT-PCR di pasar India menggunakan kontrol internal eksternal yang lebih murah,” kata seorang ahli biologi molekuler yang berbasis di Mumbai.

Prosedur Operasi Standar ICMR April 2020 untuk RT-PCR menegaskan bahwa kontrol ekstraksi eksternal “dapat diabaikan karena tidak akan mencerminkan kualitas sampel yang dikumpulkan”. Direkomendasikan “Pisahkan RNase P atau gen konservasi rumah lainnya… Ini harus dijalankan secara paralel dalam tabung terpisah… (untuk memeriksa) kualitas sampel yang dikumpulkan” dan melakukan ekstraksi.

Pada Mei 2020, mega-tender ICMR / HLL untuk kit RT-PCR menetapkan persyaratan serupa. Sejumlah produsen berpendapat bahwa perusahaan yang berbeda menggunakan kontrol internal yang berbeda termasuk kontrol eksternal yang telah disetujui oleh badan pengatur seperti FDA dan CEIVD, dan bahwa pemilihan terbalik berdasarkan gen housekeeping akan menghambat persaingan yang sehat. Akhirnya, tawaran itu direvisi untuk memasukkan opsi internal dan eksternal untuk pengendalian internal.

Mutasi virus: Tes RTR-PCR menargetkan wilayah tertentu dari satu atau lebih gen virus untuk mendeteksi keberadaannya. Tes tersebut dapat memberikan hasil negatif palsu jika mutasi terjadi pada bagian genom yang telah dievaluasi. Tes yang menggunakan beberapa target genetik, seperti yang digunakan di India, tidak mungkin tertipu oleh mutasi.

Badan pengatur seperti Badan Pengawas Obat dan Makanan AS secara rutin memantau efek mutasi pada tes RT-PCR sementara para ahli seperti Dr. Rakesh Mishra, direktur Pusat Biologi Sel dan Molekuler Hyderabad (CCMB) merasa bahwa ICMR harus memulai latihan serupa , mungkin tidak. Sangat mudah untuk memantau lebih dari 200 kit RT-PCR bersertifikat di India terhadap mutasi yang muncul secara real time.

Pertama, tidak ada pabrikan yang memiliki (atau akan) mempublikasikan urutan rinci target pengujian mereka. “Saat mendaftar ke ICMR, mereka hanya menyebutkan gen target dan bukan urutan primer,” kata seorang peneliti senior di Kementerian Kesehatan.

Namun, sejauh ini, ada alasan untuk merasa agak percaya diri meskipun tidak ada pemeriksaan keefektifan secara real-time. Sejauh ini, varian Covid-19 terutama mengandung mutasi pada gen S (protein spike). Dr Shanta Dutta, direktur National Institute of Cholera and Enteric Diseases (NICED) di Kolkata, mengatakan mayoritas kelompok di sini menggunakan area target yang disimpan (yang tidak berubah).

Jatuhnya harga

Dalam satu tahun, harga kit RT-PCR turun dari lebih dari Rs 1.100 menjadi di bawah Rs 40. Sejak pembebasan bea masuk ditarik pada Oktober 2020, sebagian besar merek asing telah meninggalkan pasar India karena beban biaya tambahan sebesar 15%. Sejumlah merek India juga menolak menjual di bawah 100 rupee. Banyak dari mereka menemukan klien korporat profesional yang tidak keberatan membayar sedikit ekstra untuk jaminan kualitas. Beberapa bahkan menawarkan beberapa kit PCR dengan tingkat harga yang berbeda.

Meskipun tidak ada yang secara resmi mengatakan ini, banyak yang mempertanyakan kualitas kompetisi yang lebih murah. Pendapat balasannya adalah bahwa setiap test kit yang tersedia di pasar memenuhi standar validasi ICMR dan bahwa setiap perang harga pada akhirnya menguntungkan konsumen.

Namun, tidak semua orang yakin. “Penurunan yang sesuai dalam biaya pengujian laboratorium berkisar dari Rs 4.500 hingga 800 rupee. Selain itu, apakah orang yang mengunjungi laboratorium setempat untuk uji Covid tahu kit mana yang digunakan? Berapa banyak laboratorium yang akan menghabiskan 100 rupee ketika mereka dapat menggunakan Kit Rs-40? “Salah satu produsen kit Covid PCR India pertama berkata.

Itu Nilai Ct

Tes RT-PCR memperkuat DNA yang diekstrak dari sampel untuk mendeteksi jenis virus Covid-19 tertentu. Amplifikasi terjadi dalam siklus dengan nilai ambang batas (Ct). Jelas, semakin tinggi keberadaan / viral load, semakin rendah nilai Ct atau jumlah siklus amplifikasi yang diperlukan untuk membuatnya dapat dideteksi.

ICMR menetapkan nilai Ct pada 35 untuk hasil negatif. Selain itu, setiap jejak virus yang berpotensi ada dapat diabaikan dan sampel tersebut dinilai sebagai Covid-negatif.

Tetapi beberapa negara bagian seperti Maharashtra telah berusaha untuk memperluas batas penerimaan dengan mengusulkan nilai Ct 24. Karena ini akan mengecualikan sejumlah besar orang dengan viral load yang secara kuantitatif rendah tetapi signifikan secara klinis, ICMR telah menegaskan kembali posisinya pada nilai Nilai Ct A dari 35.

Namun, ada sedikit kejelasan jika semua status mengikuti standar Ct yang sama. Menurut kepala eksekutif dari setidaknya dua jaringan laboratorium multi-negara, mereka telah menerima instruksi lisan yang kontradiktif dan terkadang tidak dapat dibenarkan mengenai standar pengujian ini. Bahkan pengujian molekuler pun tidak kebal terhadap bias diri.