Para ilmuwan mengatakan USDA membagikan terlalu sedikit data dan terlalu lambat mengenai influenza H5N1

CNN
—

Ketika Departemen Pertanian AS pada Minggu malam mengumumkan bahwa mereka telah merilis secara terbuka data baru dari penyelidikan wabah flu burung pada hewan ternak, para ilmuwan dengan penuh semangat mencari platform terkenal yang digunakan secara global untuk berbagi rangkaian genetik virus.

Urutannya tidak ada di sana. Hingga Selasa pagi, mereka tidak melakukannya.

Para peneliti yang ingin melacak evolusi dan penyebaran virus H5N1 mengatakan informasi yang dirilis – data mentah di server AS – tidak terlalu berguna dan sama sekali tidak transparan. Mereka juga mengatakan bahwa informasi yang dikeluarkan pemerintah mengenai wabah ini, yang dikonfirmasi terjadi pada ternak sekitar sebulan yang lalu, berjalan sangat lambat.

Setelah pengumuman hari Minggu Dr Rick Bright, ahli imunologi dan peneliti vaksin USDA yang memimpin Otoritas Penelitian dan Pengembangan Biomedis Lanjutan dari 2016 hingga 2020, mengatakan dia segera menghubungi kontaknya di database, yang disebut Inisiatif Global untuk Berbagi Semua Data Influenza, atau GISAID, untuk membuat yakin dia tidak melewatkan sesuatu.

“Saya berkata: Begini, katakan saja kepada saya: Apakah Anda punya data?” “Dan mereka bilang tidak,” kata Bright.

Setelah memeriksa bahkan bagian dari database di mana orang dapat memposting draf kasar rangkaian data sebelum dirilis ke publik secara penuh, Dr. Lucas Freitas, ilmuwan data Brasil yang memimpin regulasi GISAID, mengonfirmasi bahwa belum ada rangkaian rangkaian data baru yang diterbitkan oleh USDA sejak pengumumannya. .

“Kami tidak akan melewatkan kesempatan ini,” kata Peter Bogner, pendiri dan presiden GISAID. “H5 adalah alasan mengapa GISAID diluncurkan. Ini meningkatkan antena.”

Strain flu burung H5N1 yang sangat patogen telah memusnahkan populasi burung di seluruh dunia dan, dalam beberapa tahun terakhir, telah menyebar ke sejumlah mamalia, meningkatkan kekhawatiran bahwa virus ini selangkah lebih dekat untuk menjadi virus yang dapat menyebar secara efisien antar manusia.

Ketika USDA mengkonfirmasi penemuan H5N1 pada sapi perah di Texas dan Kansas pada tanggal 25 Maret, berita tersebut membuat para ahli penyakit menular waspada, ingin mendapatkan lebih banyak informasi untuk mengetahui bagaimana virus tersebut telah berubah dan menargetkan inang baru. Layanan Inspeksi Kesehatan Hewan dan Tumbuhan USDA, atau APHIS, Ia mengatakan H5N1 kini telah ditemukan pada 32 kelompok di delapan negara bagian.

Namun berminggu-minggu telah berlalu, dan hanya sedikit data tentang wabah di Amerika Serikat yang dibagikan kepada komunitas ilmiah global.

di dalamnya melihat Diterbitkan pada hari Minggu, APHIS mengatakan pihaknya telah membagikan 239 rangkaian genetik dari wabah H5N1 “dari sapi, kucing, ayam, sigung, rakun, musang, burung hitam dan angsa.”

Badan tersebut mengatakan bahwa mereka “secara rutin memposting” di situs GISAID, namun demi kepentingan transparansi publik dan “untuk memastikan komunitas ilmiah memiliki akses terhadap informasi ini secepat mungkin…” mereka “juga dengan cepat membagikan” rangkaian informasi tersebut. database AS yang dikelola oleh badan tersebut. Perpustakaan Kedokteran Nasional.

Pengumuman tersebut memberi kesan kepada banyak ilmuwan bahwa informasi tersebut akan ditemukan di GISAID yang ada Hal ini penting untuk melacak evolusi virus penyebab COVID-19 yang menyebar ke seluruh dunia. Banyak negara, termasuk Amerika Serikat, menggunakan GISAID untuk dengan cepat membagikan urutan genetik – susunan tepat dari empat bahan kimia yang membentuk cetak biru setiap virus.

Sebaliknya, USDA telah mengunggah data urutan mentah, yang disebut file FASTQ, ke database Perpustakaan Kedokteran Nasional, yang tersedia untuk umum. Namun, file FASTQ ini kekurangan informasi penting yang diperlukan untuk membantu para ilmuwan melacak evolusi virus, seperti tanggal pasti sampel dikumpulkan dan dari mana sampel tersebut berasal.

Para ilmuwan menggunakan data mentah saat melacak evolusi suatu virus, namun mereka juga biasanya menggunakannya dalam koordinasi dengan jenis informasi yang biasanya dirilis ke GISAID: rangkaian konsensus, yang dikenal sebagai file FASTA, yang telah disunting dan dihapus dari kontaminasi dan virus. kesalahan. Urutan konsensus biasanya memberikan lebih banyak informasi tentang di mana sampel dikumpulkan dan kapan, sehingga membantu peneliti lebih memahami bagaimana virus berubah seiring waktu.

Peneliti mengatakan belum jelas kapan sampel yang menjadi dasar data awal itu diambil. Satu-satunya tanggal yang dipublikasikan mengatakan “2024”, dan lokasi hanya terdaftar sebagai “AS”. Belum ada informasi bagaimana sampel tersebut diperoleh – apakah berasal dari usapan saluran pernapasan hewan tersebut atau tidak. kulit, atau di tempat lain.

Menanggapi pertanyaan melalui email dari CNN, spesialis urusan masyarakat USDA Shilo Weir mengatakan lembaga tersebut memposting data mentah ke server AS untuk mempercepat, dan mengatakan lembaga tersebut akan bekerja cepat untuk mendapatkan urutan yang diformat ke GISAID.

“APHIS biasanya menerbitkan data rangkaian yang dikurasi pada platform GISAID. “Namun, untuk mempublikasikan data rangkaian tersebut sesegera mungkin, APHIS telah mengunggah file data rangkaian yang belum dianalisis ini ke NCBI,” tulis Weir dalam tanggapan email.

“Urutan ini tidak akan dikurasi sebelum dipublikasikan, namun pendekatan ini akan memungkinkan kami jalur tercepat untuk mempublikasikan informasi urutan. APHIS akan terus bekerja secepat mungkin untuk mempublikasikan file yang diformat ke GISAID yang mencakup dan menganalisis informasi epidemiologi yang relevan beserta urutannya. datanya,” kata Ware.

Juga tidak jelas apakah rilis terbaru ini mewakili semua genom yang ada dari lembaga tersebut.

Dr Michael Worobey, seorang profesor ekologi dan biologi evolusi di Universitas Arizona, mengatakan USDA membuat kesalahan dengan tidak membagikan semua informasi yang dimilikinya secepat mungkin.

“Ada komunitas di seluruh dunia yang terdiri dari orang-orang seperti saya dan rekan-rekan saya yang memiliki banyak pengalaman dengan hal ini, dan mereka sering melihat sesuatu atau melakukan analisis yang mungkin menunjukkan sesuatu yang tidak diperhatikan orang lain,” kata Worobey.

“Pada dasarnya Anda tidak ingin hanya satu kelompok yang melihat datanya. Kami ingin semua orang, semua ahli di seluruh dunia dapat melakukan hal ini,” tambah Worobey.

Tom Inglesby, yang memimpin Pusat Keamanan Kesehatan Johns Hopkins di Sekolah Kesehatan Masyarakat Bloomberg, mengatakan rilis data awal USDA kepada publik merupakan langkah ke arah yang benar, namun hal itu belum cukup.

“Informasi tambahan ini akan sangat berguna bagi masyarakat dan para ilmuwan, badan kesehatan masyarakat dan organisasi penelitian untuk memahami semua data yang telah dikumpulkan sejauh ini, peternakan mana yang telah diuji, kapan telah diuji, bagaimana strategi pengambilan sampel secara keseluruhan. adalah, jenis pengujian apa yang kini dilakukan di seluruh negeri?

“Sekarang kita tahu ada sapi tanpa gejala yang dinyatakan positif, bagaimana strategi untuk memahami sejauh mana sapi tanpa gejala menulari ternak lain? Karena menurut saya tujuan terpenting di sini adalah mendapatkan gambaran lengkap tentang wabah tersebut. ”

Virus influenza berubah dengan cepat dan telah menyebabkan beberapa pandemi paling dahsyat dalam sejarah.

“Apa yang kita lihat sekarang adalah bab pertama “Buku yang membuat orang-orang seperti saya dan banyak ahli epidemiologi dan ilmuwan penyakit menular lainnya terjaga di malam hari,” kata Dr. Michael Mina, kepala ilmuwan di perusahaan telehealth eMed dan pakar epidemiologi, imunologi, dan penyebaran penyakit menular.

Pandemi Covid memang buruk, namun Mina mengatakan pandemi yang disebabkan oleh virus ini bisa lebih buruk lagi.

“Jin masih belum keluar dari permasalahan, dan itu adalah hal yang baik,” kata Mina, namun mengingat potensi konsekuensi dari membiarkan virus menyebar tanpa terkendali, “agak sulit untuk mengatakan bahwa kita dapat melakukan banyak hal saat ini. ”

Para ilmuwan telah memantau virus H5N1 selama hampir dua dekade ketika virus tersebut menyebar ke populasi burung liar dan peliharaan Baru-baru ini mamalia laut Seperti halnya singa laut, namun penyebaran dari manusia ke manusia setelah kontak dengan hewan terjadi secara intermiten dan tidak berkelanjutan, hal ini menunjukkan bahwa virus tersebut belum cukup bermutasi untuk menjadi patogen bagi manusia sepenuhnya. Itu telah berlalu Tidak ada bukti Dari orang ke orang dalam wabah yang terjadi saat ini di Amerika Serikat, menurut Pusat Pengendalian dan Pencegahan Penyakit AS.

Namun, manusia telah terinfeksi setelah melakukan kontak dengan hewan, sebuah pengingat yang mengerikan bahwa virus ini terus menghantui kita dan memerlukan pemantauan ketat.

“Sangat penting bagi pemerintah AS untuk bersikap setransparan mungkin saat ini, menjadi sangat transparan, dan membagikan semua rangkaian dan semua data ini sehingga dunia dapat melihatnya dan melakukan penilaian risiko dan mulai melakukan penilaian risiko mereka sendiri,” kata Bright. “Mereka membutuhkan vaksin jika mereka membutuhkannya di negara mereka daripada menunggu Amerika Serikat mengatakan apa yang baik dan apa yang buruk,” katanya, yang merupakan CEO Bright Global Health di Amerika. Washington DC.

“Apa yang akan kami katakan jika virus ini tidak terkendali?” kata terang. Apakah kita akan melihat ke belakang pada dua atau tiga bulan terakhir dan berkata: Saya berharap kita melakukan sesuatu yang lain; Saya berharap kami lebih transparan. Saya berharap kami membagikan semua rangkaian ini sehingga dunia dapat bersiap menghadapinya?